Någonting väldigt konstigt har hänt – det verkar som om alla djur i staden har försvunnit! Men med hjälp av farmors senaste uppfinning, kan Nelson och Kenny ändå nosa rätt på lösningen på mysteriet – de förvandlar sig helt enkelt till hundar. Tillsammans med sina vänner måste de två ninjahundarna rädda alla husdjur från en ondskefull kidnappare!