Sankta Annas kloster är ett drama som utspelar sig omkring år 1400, i ett kloster tillägnat Sankta Anna, Marias mor. Klostret har drabbats av en rad olyckor och fallit i allmänhetens glömska. Alla klostrets nunnor, utom Eskelin, är ålderstigna.

Mystiken tätnar kring Eskelin, som några år tidigare, till synes halvgalen, sökt sin tillflykt i klostret. Frågor väcks även kring Kej, en riddare som förklädd till nunna, tagit sig in i ett intilliggande kloster. Han blir avslöjad och häktad, men försvinner gåtfullt, samtidigt som en nunna ses släpa en man genom staden.

Av central betydelse för handlingen är även ett blodsbröllop som ägt rum och ett tydligt tema är begärets makt över människan.

Dramat uppfördes, men utgavs aldrig under Lagerlöfs levnad... Möjligen insåg hon själv att tiden ännu inte var mogen för ett verk med ett så makabert och relativt erotiskt tema, i strid med religiösa och samhälleliga normer.